LOGO UAJ dan Arti Lambang Universitas Atma Jaya Jakarta

Warna burung merpati sama seperti salib dan lingkaran cahaya adalah putih. Hal tersebut melambangkan misi yang ikhlas dan suci. Merpati yang berada dalam aureol yang memancarkan sinar terang berpancar tujuh melambangkan Roh Yang Maha Kudus.
Tujuh pancar sinar mengandung arti masing-masing: sinar anugerah budi, kebijaksanaan, ilmu pengetahuan, firman, cinta kasih, kekuatan, dan ketakwaan kepada Tuhan
Warna dasar hijau di perisai logo ATMA JAYA melambangkan Indonesia, sebuah untaian zamrud pada khatulistiwa.
Perisai Garuda Pancasila memperlihatkan komitmen nasional.
Salib, merupakan lambang kekatolikan
Warna nama ATMA JAYA, bundaran, bingkai lingkaran cahaya serta sinarnya, dan bingkai perisai adalah kuning-jingga, melambangkan semangat yang memancarkan sinar karya pengabdian yang bermutu tinggi.